幽门螺杆菌现在被社会广泛认知，知道它是胃炎、溃疡病和胃癌的发病原因。
然而，在八十年代幽门螺杆菌被发现之前，医学认为胃里不可能寄生细菌，因为胃酸的酸性太强，没有细菌能存活。
因此，胃酸被认为是溃疡病的罪魁祸首，一百多年前“无酸无溃疡”的理论就被提了出来，一直被奉为“真理”，代代相传。也是因为这个理论，溃疡病被称作“消化性溃疡”，胃酸激活蛋白酶消化了自身的胃，导致了胃黏膜溃烂形成溃疡。
这个理论在临床应用中得到支持，因为使用中和胃酸和抑制胃酸的药可以有效减轻患者溃疡病引起的疼痛，可以愈合溃疡，也可以控制溃疡病引起的出血、狭窄和穿孔，甚至癌变等并发症。因此，早期认为无酸无溃疡，这个“真理”尽管流传了一百多年，但是有个关键问题无法解释，即为何有的人容易患溃疡病，而且还是一家一家地得病。
而有的人从不得胃病，几代人没一个患胃病的。胃酸是人体必备的分泌物，与胃蛋白酶合作帮助消化食物中的蛋白。把我们吃进去的动物蛋白消化成人体能够吸收的蛋白最小成份氨基酸。
每个人都有胃酸，为何有的人得胃病，而有的人不容易得胃病？这个问题无法用胃酸理论解释。
又有人提出了“遗传”理论，即遗传基因导致了胃病。这个理论可以解释胃病常常是代代相传的现象，即祖上有人患胃病，几代人都容易有同样的问题。
也有人提出“压力”理论，认为人在工作和生活中的压力，可以导致精神紧张，引起溃疡。
最极端的例子是人在遭遇巨大打击时（生理上和心理上的压力），可以出现应激性溃疡，甚至大出血。就这样，胃酸理论、遗传理论和压力理论统治着医学一百多年，直到八十年代以后幽门螺杆菌的发现。
马歇尔在大会上详细介绍了他和病理医生J·罗宾·沃伦(J.RobinWarren)发现幽门螺杆菌的过程。病理医生沃伦在快退休的时候，在显微镜下注意到胃黏膜表面点状的颗粒。过去沃伦看到过，但并未引起特别的注意。
一次很偶然的好奇，他将放大40倍的物镜转换到了油镜（放大倍）。这时发现这些点状的颗粒是由弯弯曲曲的“蓝色曲线”组成，他感觉非常像弯曲的细菌。他注意观察了大量胃黏膜的病理切片，发现糜烂性胃炎的黏膜上这种“蓝色曲线”特别多，另外十二指肠溃疡的标本也不少。
他坚信这是一种细菌，为了证实他的发现，他找到了当时只有30岁的年轻消化科医生马歇尔。当马歇尔听说胃黏膜上有细菌，他开始并不以为然，因为传统医学认为胃酸环境下不可能有细菌生长。
但马歇尔是思想活跃并且很有开创性思维的年轻人，积极配合沃伦的研究，内镜下取大量的活检标本给沃伦。
二人密切合作经过例胃炎患者的观察，58%发现了这种细菌，22例有胃溃疡的患者77%有这种细菌，而13例有十二指肠球部溃疡的患者%有这种细菌，验证了沃伦的发现。
为了证明他们发现的是细菌，必须培养成活并做细菌鉴定。不幸的是他们连续做了30多次试验，都没有培养出这种细菌。
年的复活节有5天的假期，他把一批胃培养标本忘在了实验室。等他放假归来才想起细菌培养的事，来到实验室意外地发现长出了细菌。马歇尔欣喜若狂，抑制不住内心的激动和兴奋，迫不及待地跑向沃伦的办公室，报告了他们的成果，人类第一次在体外培养出了这种外形奇特的细菌，开始称作幽门弯曲菌，后来被更名为幽门螺杆菌。
他们之前培养失败的原因是观察时间不够，常规的3天培养长不出幽门螺杆菌，因为它需要5天以上的时间。他们很快把研究论文投稿到当地的一个消化会议，可惜被拒绝了。评审委员会的答复是：“亲爱的马歇尔医生，我很遗憾你的论文没有被接受在会议上发表……，我们收到的论文数量不断增加，67份论文中我们只能接受56份（拒稿率16%）。
”深层次的原因是他们的发现违背了人们过去的认知，不符合常理。当时他们被同行嘲笑，甚至讥讽，每次参会都有人谴责他是“骗子”或“江湖郎中”。
在年的UEGW大会上，马歇尔说他和沃伦当时非常郁闷和沮丧，全世界都不相信他们的发现。但是他们的妻子支持他们，坚信他们发现了新的细菌。为了提供更有力的证据，必须证明这种细菌可以致病。他们尝试过用幽门螺杆菌感染动物，但是失败了。
最后马歇尔做了一件惊人的举动，他喝下了含有大量幽门螺杆菌的培养液。喝药前他先给自己做了胃镜检查，证明没有胃病和幽门螺杆菌感染。喝药5天以后他开始胃痛、恶心、呕吐，复查胃镜证实胃病很严重，并发现了大量幽门螺杆菌感染。
马歇尔用自己的健康和生命为代价，在世界上第一次证明了幽门螺杆菌能引起胃病。随着越来越多的研究结果支持马歇尔和沃伦的观点，20多年以后他们的发现终于被全世界认可，年获得了医学诺贝尔奖。
马歇尔在大会上展示了当年那封被大会组委会拒绝的信件，深有感触地讲到：“阻碍科学发展的不是无知，而是囿于成见（Thegreatestobstacletoknowledgeisnotignorance,itistheillusionofknowledge）”。
马歇尔在大会上还告诉大家，实际上，早在他们发现幽门螺杆菌之前的六十年代就有多个国家的多篇报道（包括中国医生）用抗生素成功治疗溃疡病的论文发表，但是没人进一步研究为什么抗生素可以治疗这个病。
中国年消化性溃疡患者非常多，很多因为并发消化道出血或者穿孔而急诊住院。当时最好的抑制胃酸的药就是甲氰咪胍（西咪替丁，组胺H2受体拮抗剂），但是抑制胃酸效果有限，很多患者效果不好。但是加用甲硝唑（一种抗生素）治疗，果然有很多所谓“难治性溃疡”的患者，因为加用了抗生素而得以根治。
胃黏膜在显微镜下“点点状”的颗粒，实验是将一个细菌培养皿（一个碟子中放上细菌生长需要的培养基）放在桌子上，敞开盖，让空气中附着在灰尘上和气溶胶上的细菌自然落到培养皿中，过一段时间就可以在培养皿中看到长出一簇簇的细菌菌落
八十年代以前的“真理”是“无酸无溃疡”，八十年代以后的“真理”是“无幽门螺杆菌无溃疡”。
真理只有一个，前后的差异在哪里？“酸”的化学符合是“pH”，而幽门螺杆菌的缩写也是“Hp。
这就像照镜子，镜子里的pH是虚像，而镜子外的Hp是实相。过去把虚相pH当成了真理，后来才发现真理是实相Hp。
年3月9日他又在深圳的消化会议上演讲，他介绍他和沃伦是如何发现幽门螺杆菌的，介绍他们发现幽门螺杆菌后都做了什么。
他获得诺贝尔奖后还在一直做着与幽门螺杆菌相关的中国作为世界人口最多的国家，幽门螺杆菌感染率也非常高，因此感染数量巨大。
马歇尔组织了研究团队与中国多个省市的医疗单位合作，共同为中国幽门螺杆菌感染患者的治疗，尤其是近年来越来越多的细菌耐药问题，研发出新的应对措施和方案。
他的足迹遍布中国多个省市，他的身医院的门诊和实验，北京、上海、广州、深圳、天津、武汉、南京、西安、贵州、郑州、佛山、无锡、沈阳……(访医院消化科李闻谈幽门螺旋杆菌)。